截止2013年12月，校本部设有24个专业学院，在86个本科专业招生；威海校区设有10个院系；深圳研究生院含7个学院。

校本部

航天学院

工程力学、飞行器设计与工程、飞行器环境与生命保障工程、空间科学与技术、复合材料与工程、电子科学与技术、光电信息科学与工程(光学工程方向)、电子信息科学与技术、自动化、探测制导与控制技术

电子与信息工程学院

通信工程、电磁场与无线技术、电子信息工程、遥感科学与技术、信息对抗技术

机电工程学院

机械设计制造及其自动化、飞行器制造工程、工业工程、工业设计、广播电视编导（数字媒体艺术方向）、广告学（数字媒体技术方向）

材料科学与工程学院

材料科学与工程、材料物理、材料成型及控制工程、焊接技术与工程、电子封装技术、光电信息科学与工程(系统方向）

能源科学与工程学院

能源与动力工程、飞行器动力工程、核工程与核技术

电气工程及自动化学院

电气工程及其自动化、建筑电气与智能化、测控技术与仪器、光电信息科学与工程(光电仪器方向)

理学院

数学类（包含数学与应用数学、信息与计算科学）（本硕连读培养）、光电信息科学与工程（本硕连读培养）、物理学类（包含应用物理学、核物理）（本硕连读培养）、化学类（包含应用化学、材料化学、核化工与核燃料工程）（本硕连读培养）

经济与管理学院

信息管理与信息系统、工程管理、工商管理、市场营销、会计学、财务管理、国际经济与贸易、金融学、电子商务

人文与社会科学学院

社会学、国际经济与贸易、经济学

土木工程学院

土木工程

市政环境工程学院

给排水科学与工程、环境工程、环境科学、建筑环境与能源应用工程

建筑学院

建筑学、城乡规划、风景园林、环境设计

交通科学与工程学院

道路桥梁与渡河工程、交通工程、交通设备与控制工程

计算机科学与技术学院

计算机科学与技术、信息安全、生物信息技术

软件学院

软件工程、物联网工程

法学院

法学

化工学院

化学工程与工艺、能源化学工程、高分子材料与工程

食品科学与工程学院

食品科学与工程

外国语学院

英语(英语-机械设计制造及其自动化专业双学位培养)、英语、俄语(俄语-飞行器设计与工程专业双学位培养)、俄语、日语

生命科学与技术学院

生物科学类（包含生物技术、生物工程）（本硕连读培养）

基础与交叉科学研究院

化学类（包含应用化学、材料化学）（本硕博连读培养）

国际合作教育学院

电气工程及其自动化（中澳联合培养）

威海校区

船舶与海洋工程学院

机械设计制造及其自动化、船舶与海洋工程

海洋科学与技术学院

环境工程、化学工程与工艺、生物科学类（包含生物工程、生物技术）、食品科学与工程

汽车工程学院

车辆工程、能源与动力工程、交通运输、交通工程

信息与电气工程学院

自动化、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、通信工程、电子信息工程、电磁场与无线技术、电子科学与技术

计算机科学与技术学院—软件学院

计算机科学与技术、信息安全、软件工程

材料科学与工程学院

材料科学与工程、材料成型及控制工程、焊接技术与工程、电子封装技术

理学院

数学类(包含数学与应用数学、信息与计算科学）、光电信息科学与工程

经济管理学院

工商管理、会计学、财务管理、市场营销、国际经济与贸易、信息管理与信息系统

语言文学学院

英语、朝鲜语

土木工程系

土木工程

深圳研究生院

土木与环境工程学院

土木工程、环境工程

计算机科学与技术学院

计算机科学与技术

电子与信息工程学院

信息与通信工程、电子科学与技术

机电工程与自动化学院

机械工程、电气工程、控制科学与工程、动力工程及工程热物理

城市规划与管理学院

建筑学、交通运输工程、管理科学与工程、工商管理

材料科学与工程学院

材料科学与工程

基础科学与人文学院

数学、力学

截止2014年，哈尔滨工业大学共设有有三个校区，分别为哈尔滨一区、二区，威海校区及深圳校区。

本部

哈尔滨校区坐落于素有“东方莫斯科”之称的哈尔滨市市中心，校园面积347.33公顷（即347.33万平方米），建筑面积201.97万平方米。

威海校区

威海校区坐落于胶东半岛素有“东方夏威夷”之称的海滨城市——威海。建筑面积38.3万平方米。截至2011年8月26日，全日制在校本科生10000余人，研究生600余人。

深圳研究生院

2002年，经教育部批准，哈尔滨工业大学与深圳市人民政府签署办学协议，共同创办哈尔滨工业大学深圳研究生院。作为哈工大三大校区之一，深圳研究生院积极探索高等教育机制体制改革，深化国际化办学，以高质量人才培养和高水平科学研究、技术创新为重点，提升服务国家社会经济发展的能力和国际学术竞争力，努力建成传承哈工大优秀传统、扎根深圳、服务国家、面向世界的“高精特”研究型大学校区。2014年，经教育部批准，市校双方以深圳研究生院为基础、拓展本科生教育，在哈工大统一品牌、统一规划、统一学术标准的前提下，共同筹建哈尔滨工业大学（深圳），毕业生授予哈尔滨工业大学学位证书和毕业证书。

2017  QS世界大学排名  本科  材料科学—— 第51名2017  QS世界大学排名  本科  建筑—— 第101名2017  QS世界大学排名  本科  工程技术—— 第150名2017  QS世界大学排名  本科  电气与电子工程—— 第151名2017  QS世界大学排名  本科  计算机科学与信息系统工程—— 第151名2017  QS世界大学排名  本科  化工工程—— 第151名2017  QS世界大学排名  本科  数学—— 第151名2017  QS世界大学排名  本科  环境科学—— 第201名2017  QS世界大学排名  本科  物理与天文学—— 第251名2017  QS世界大学排名  本科  化学—— 第251名2017  QS世界大学排名  本科  自然科学—— 第325名2017  QS世界大学排名  本科  生物科学—— 第451名2017  QS世界大学排名  本科  社会科学与管理—— 第451名2015  世界大学学术排名  本科  工科—— 第23名2015  世界大学学术排名  本科  数学—— 第50名2014  世界大学学术排名  本科  工科—— 第21名